性传播疾病的病原体包括所有的医学微生物范围：包括病毒、衣原体、支原体、螺旋体、细菌、真菌、原虫等等。其主要包括以下几个方面：

　　衣原体：沙眼衣原体D－K型，可引起非淋菌性尿道炎。沙眼衣原体通过性接触而传播，可引起肺炎、不育症和反应性关节炎、宫颈炎、输卵管炎、新生儿结膜炎。

　　支原体：解脲支原体，也是非淋菌性尿道炎的主要病因。

　　细菌：多种细菌均可经性行为而传播，阴囊痒主要有以下3种。淋病双球菌:是淋病的病原体；肠道杆菌:通过口接触传播；布氏杆菌：通过性交。

　　真菌：其中白色念珠菌，可引起生殖器念珠菌病。

　　螺旋体：其中苍白螺旋体是梅毒的病原体。

　　原虫：其中阴道毛滴虫可致生殖器滴虫病。

　　寄生虫：其中疥虫可导致疥疮；阴虱可导致阴虱病。